تتمتع المؤسسة بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي، ولا تسعى إلى الحصول على الربح. وتخضع للنظام الضريبي المطبق على الجمعيات المعترف لها بصفة المنفعة العامة. ( المادة 1 والمادة 23 من الظهير الشريف رقم 1.09.200 بإحداث المؤسسة)

• الضريبة على الشركات:


   تستفيد المؤسسة، باعتبارها هيئة غير هادفة للحصول على الربح، من إعفاء دائم من الضريبة على الشركات فيما يخص العمليات المطابقة للغرض المحدد في الظهير المحدث لها . غير أن الإعفاء المذكور  لا تستفيد  منه مؤسسات البيع أو تقديم الخدمات التي يمكن أن تحدثها المؤسسة. ( المادة 6-I- ألف-1°- من المدونة العامة للضرائب ). يخصم من الحصيلة الخاضعة للضريبة على الشركات مبلغ الهبات النقدية أو العينية الممنوحة للمؤسسة من طرف الشركات وغيرها من الأشخاص المعنويين. ( المادة 10-باء- 2° من المدونة العامة للضرائب ).

• الضريبة على الدخل:

  
 يخصم من مجموع الدخل المفروض عليه الضريبة مبلغ الهبات النقدية أو العينية الممنوحة للمؤسسة من طرف الأشخاص الطبيعيين والأشخاص المعنويين.(المادة 28I-  من المدونة العامة للضرائب ). تستثنى من نطاق تطبيق الضريبة على الدخل القيمة الإيجارية للعقارات التي يضعها ملاكها مجانا رهن تصرف المؤسسة، عندما تكون العقارات المذكورة معدة لإيواء مؤسسات للبر والإحسان ولا تسعى إلى الحصول على الربح. ( المادة 62 - I من المدونة العامة للضرائب ).

• الضريبة على القيمة المضافة:


   تعفى من الضريبة على القيمة المضافة مع الاستفادة من الحق في الخصم من السلع والبضائع والأشغال والخدمات المقدمة التي تمولها أو تسلمها جميع الأطراف المانحة أجنبية أو وطنية ، على شكل "هبة" إلى المؤسسة في إطار النهوض بالأحوال الاجتماعية والصحية للأشخاص المعاقين أو الموجودين في وضعية صعبة. ( المادة 92 – I- 20° من المدونة العامة للضرائب ).

   تعفى من الضريبة على القيمة المضافة مع الاستفادة من الحق في الخصم من السلع والبضائع والأشغال والخدمات المقدمة التي تمولها أو تسلمها الحكومات الأجنبية أو المنظمات الدولية، على شكل هبة في نطاق التعاون الدولي إلى المؤسسة. ( المادة 92 – I-21°  من المدونة العامة للضرائب ).

   تعفى من الضريبة على القيمة المضافة مع الاستفادة من الحق في الخصم من المواد والسلع والتجهيزات والخدمات المقتناة، وكذا الخدمات المقدمة من طرف مؤسسة محمد السادس للنهوض بالأعمال الاجتماعية للقيمين الدينيين المحدثة بالظهير الشريف رقم 200.09.1 الصادر في 8 ربيع الأول 1431( 23 فبراير 2 2010 ) وفق المهام المنوطة بها. ( المادة 92 – I-44°  من المدونة العامة للضرائب ). تعفى من الضريبة على القيمة المضافة حين استيراد المواد والسلع والتجهيزات والخدمات المقتناة من طرف مؤسسة محمد السادس للنهوض بالأعمال الاجتماعية للقيمين الدينيين المحدثة بالظهير الشريف رقم 200.09.1 الصادر في 8 ربيع الأول 1431( 23 فبراير 2010 ) وفق المهام  المنوطة بها. ( المادة 123 -43° من المدونة العامة للضرائب).

• جبايات الجماعات المحلية:


   تستفيد المؤسسة من الإعفاء الكلي الدائم من الضريبة المهنية فيما يخص العمليات المطابقة للغرض المحدد في الظهير المحدث لها. غير أن هذا الإعفاء لا يطبق على مؤسسات بيع السلع والخدمات التي يمكن أن تحدثها المؤسسة. ( المادة 6-I-ـألف-4° من القانون رقم 47.06 المتعلق بجبايات الجماعات الـمحلية).

   تستفيد المؤسسة من الإعفاء الكلي الدائم من رسم السكن على العقارات التي تملكها إذا كانت هذه العقارات تأوي مؤسسات خيرية ولا تهدف إلى تحقيق الربح. ( المادة 22-I-ـألف-2° من القانون رقم 47.06 المتعلق بجبايات الجماعات الـمحلية).

   تعفى المؤسسة من رسم الخدمات الجماعية فيما يتعلق بالبنايات التي تزاول فيها المؤسسة نشاطها. ( المادة 34 من القانون رقم 47.06 المتعلق بجبايات الجماعات الـمحلية).