تفضل مولانا المنصور بالله أمير المؤمنين صاحب الجلالة الملك محمد السادس أسماه الله وأعز أمره بمصادقته السامية على النظام الداخلي لمؤسسة محمد السادس للنهوض بالأعمال الاجتماعية للقيمين الدينيين يوم 2 شعبان 1432 الموافق لـ 04 يوليــوز 2011م
وبذلك أصبحت مؤسسة محمد السادس للنهوض بالأعمال الاجتماعية للقيمين الدينيين، بعد إنشائها بالظهير الشريف رقم 1.09.200، تتوفر على آلية قانونية بالغة الأهمية تبلور مقتضيات الظهير، وتشكل وثيقة توجيهية للعاملين بالمؤسسة ووحداتها الإدارية الجهوية، وتؤطر علاقاتهم مع مختلف الفاعلين والشركاء.
ويتألف النظام الداخلي للمؤسسة من ستة (6) أبواب تحتوي في مجموعها على خمسين (50) مادة، تحدد ما يلي:
- كيفيات تسيير مجلس المؤسسة والوحدات الإدارية الجهوية والإقليمية؛
- الهيكل التنظيمي للمؤسسة؛
- وضعية العاملين بالمؤسسة ونظام تعويضاتهم.